En las tribunas que recorren la segunda altura de los laterales de la iglesia, nos encontramos con un impresionante grupo escultórico en el que se representan a los arcángeles y a los padres de la iglesia latina.
En cuanto a su retablo mayor, decir que se trata de una obra que se construyó entre 1665 y 1669 por parte de Pedro Roldán y que anteriormente se encontraba en el desaparecido convento de San Francisco desde donde se traslado a su actual ubicación. El retablo se organiza en torno a la imagen del descendimiento, junto a la que se recrean escenas del Nuevo testamento como la entrada de Jesús en Jerusalén o a la Verónica.
A ambos lados del crucero podemos observar sendos retablos elaborados en mármol. Junto al órgano de la iglesia, en el lado del Evangelio, podemos observar el Retablo del Crucificado, en el que se observa la talla del escultor portugués Miguel Pereira del crucificado junto a la Magdalena y a sus pies una Inmaculada. En el lado de la epístola nos encontramos con el Retablo de la Virgen del Rosario, obra de Cayetano de Acosta.
en la que se representa el descendimiento
A su vez, vemos que hay cuatro capillas en cada lado de la iglesia, en el lado del Evangelio, el lado izquierdo, se encuentran las capillas de Santa Justa y Rufina, la de San Millán, San José y la capilla del Cristo de la corona, mientras que en el lado derecho, el de la Epístola observamos las capillas de Santa Bárbara, San Antonio, de la Inmaculada y la capilla de la Virgen del Rosario.