La parroquia de la Concepción está ubicada en lo que hoy y siempre ha sido el lugar tradicional de paseo de los onubenses: la calle Concepción. Ya en 1880 se establecen limitaciones para el tránsito de carros y carruajes, y muy poco después se instalaron cuatro columnas de hierro al principio de la calle que impedían el paso a todo vehículo. Aparecía empedrada en 1573, y los sucesivos cambios de pavimento sufridos durante el s. XIX y el XX (losas de Tarifa, cemento de Portland, etc.) han ido encaminados a reafirmar ese carácter peatonal.
Céntrica y populosa, esta es la calle comercial de Huelva por excelencia. Así lo atestiguan los datos sobre los numerosos establecimientos comerciales desde principios del siglo XVII. En realidad lo que de forma popular se conoce por Concepción son oficialmente cuatro calles, esto es: Concepción, Palacio, Arquitecto Pérez Carasa y Berdigón.
En el siglo XVI se llamó calle de los Dorantes, y así la nombra el Cabildo secular cuando tiene que ocuparse de su urbanización. Era el sitio donde el pregonero, a las puertas de la iglesia de la Concepción, notificaba los bandos y otras noticias del municipio.
Este templo mariano, el primero consagrado a la Inmaculada Concepción en toda España, está muy cercano a edificios de importancia relevante en el patrimonio de la ciudad de Huelva como el Palacio de Moras Claros, la casa del millón o su contemporánea el Convento de las Agustinas calzadas, también de 1515.
Cuentan las crónicas que en mayo de 1505 Cristóbal Dorantes hizo concesión de sus casas para que se levantase en ella la que sería segunda parroquia de la ciudad y dedicada a Nuestra Señora de la Concepción, siendo 1515 la fecha en la que se inició su construcción. La iglesia originaria constaba, al igual que hoy, de tres naves espaciosas con un retablo mayor del que no quedan vestigio.
El modelo de templo originario, gótico-mudéjar, no se conserva pues en 1755, festividad de todos los Santos, cuando la población salía de la santa misa, se produjo el desastroso terremoto de Lisboa con graves daños en la fábrica del edificio, hecho que de nuevo se volvería a repetir en 1863 que obligarían a varias intervenciones en lo que era la iglesia y campanario. La primera reconstrucción la llevó a cabo Pedro de Silva en 1757. Este mismo año aparece su nombre relacionado con las obras de la iglesia parroquial de San Antonio Abad en Trigueros, donde se menciona con el título de Maestro de obras de arquitectura con Real Aprobación, alcalde veedor y Aparejador mayor. El segundo en trabajar en su reconstrucción fue Antonio Matías de Figueroa. En 1936 la iglesia sufrió un incendio durante la guerra civil y hubo que llevarse a cabo una nueva reconstrucción. La historia de estas reconstrucciones continúa hasta el 2006 y en esta ocasión debido a problemas de cimentación causados por una obra cercana, el arquitecto de esta última actuación ha sido Antonio Jesús López Domínguez.
Su estado actual es de tres naves, estando la central cubierta con bóveda de cañón reforzada con arcos fajones y estando los arcos formeros muy marcados con molduras semicirculares. El arco fajón descansa sobre una pilastra de estilo jónico con su arquitrabe, friso y cornisa (ésta muy marcada), la pilastra va adosada a un pilar cuadrado que también lleva adosado en sus lados contrarios columna de estilo toscano. Entre pilar y pilar, la sección se divide con arquería de tres arcos de medio punto. Las naves laterales originariamente con armazón de madera a una sola agua están hoy cubiertas de madera formando una bóveda de aristas, dejando uno de sus plementos sin cubrir para que se pueda divisar la estructura original. La nave central se remata en su zona de presbiterio con una cabecera de tracería gótica, siendo ésta original de su época de construcción.
La portada principal está estructurada en dos cuerpos. El inferior está compuesto por tres calles separadas por columnas que se apoyan sobre altos pedestales, situándose el vano de entrada, bajo un arco de medio punto, en la calle central. En las calles laterales hay sendas hornacinas que albergan las imágenes de San Pedro y San Pablo. El cuerpo superior solo presenta una sola calle flanqueada por columnas de ladrillo, con una hornacina central presidida por una imagen de la Inmaculada y un frontón curvo donde se halla un óculo. Rematan la portada tres balconcillos de arcos trilobulados a modo de logia.
La torre, situada a la derecha de la portada principal, está decorada con festones barrocos. Corona el campanario un chapitel de azulejería sevillana de colores azul y blanco, que se difundirá en campanarios posteriores.
En las restauraciones realizadas entre los años 2002 y 2006, se ha intentado recuperar la imagen de su estado original, como bóvedas mudéjares y barrocas, capiteles, cornisas y vanos. El resultado en una armoniosa imagen dieciochesca sobre una planta mudéjar.
El interior de la iglesia está decorado con numerosas obras importantes pertenecientes a grandes imagineros andaluces como Álvarez Duarte, Antonio Castillo Lastrucci, Ortega Bru, y los onubenses Antonio León Ortega y Sebastián Santos que forman con sus obras la riqueza patrimonial de la Semana Santa onubense. Entre ellas destaca Nuestro Padre Jesús Nazareno, de gran devoción entre los onubenses.