La casa de los Pisa se encuentra situada muy cerca de Plaza Nueva, en la entrada al Albaicín. siendo su construcción por parte de la familia del mismo nombre inmediatamente posterior a la toma de la ciudad por los Reyes Católicos. El 8 de marzo de 1550, murió en la casa San Juan de Dios, al hallarse acogido en la misma, este hecho marcaría la historia de la casa ya que, tras la desaparición de la familia Pisa, la orden hospitalaria de San Juan de Dios adquiriría el edificio.
El museo exhibe en varias salas y galerías valiosas piezas, desde azulejos árabes del siglo XIV hasta ricas como las de San Juan Evangelista y la Dolorosa de Diego de mora, así como varias tablas flamencas, como por ejemplo el maravilloso tríptico de Joos van Cleve del siglo XVI. Además el edificio cuenta con un coqueto patio y una pequeña capilla.