Fachada de la Iglesia Detalle de la puerta principal Interior del templo
El templo fue erigido por los Reyes Católicos en 1490, bajo la advocación del santo patrón de España. Su cercanía con la Catedral conllevó que durante ciertos periodos de construcción de la misma se oficiara en ella el culto capitular o se celebraran algunos aniversarios de la toma de la ciudad. Arquitectónicamente, su impronta mudéjar reflejada de manera especial en la torre almohade y sus yeserías barrocas convierten al inmueble en uno de los edificios religiosos más notables del centro histórico, además de cobijar en sus naves varias imágenes muy devocionales. Fue construido en un solar próximo a la Puerta de Granada, entre 1490 y 1545 sobre los restos de un antiguo edificio musulmán del que se aprovecharon la fachada y el alminar, a instancias del obispo fray Antonio Henríquez.
Se trata de una edificación gótico-mudéjar, de la que se conserva la torre de ladrillo con paños de sebka y la puerta principal ,que a día de hoy está cegada con cerámica vidriada. En el siglo XVIII el templo se reforma, transformándose en una iglesia barroca, de tres naves laterales con capillas, coro alto, zócalo y púlpito de mármol. Con la llegada del siglo XIX se alteró su fisonomía externa, aunque fueron los sucesos anticlericales de 1931 los que provocaron la desaparición de casi todo su patrimonio artístico que estaba compuesto por creaciones de Miguel Manrique, Niño de Guevara, Fernando Ortiz o Pedro de Mena y del organista Julián de la Orden. Las obras de reparación, tras la guerra civil, fueron dirigidas por el arquitecto Enrique Atencia. En su interior se disponen la capilla del baptisterio, presidida por un lienzo anónimo del bautismo de Cristo (siglo XVIII), en la que destaca la pila bautismal (siglo XVI), la cual descansa sobre un simbólico león y próxima a ella figura en un panel expositor una copia del acta sacramental de Pablo Picasso. Le sigue la capilla de Jesús de Medinaceli. Luego aparecen las capillas de la Hermandad de la Sentencia y la de María Santísima de la Sierra.
Esta nave de la iglesia queda presidida por la antigua capilla sacramental, hoy dedicada al culto de la Inmaculada Concepción. En el altar mayor figura un retablo dieciochesco, procedente de la localidad malagueña de Archidona, en cuyo ático aparecen los bustos de San Pedro y San Pablo. En la hornacina principal se encuentra la imagen de Santiago con atributos de peregrino, obra tallada de José Navas Parejo, cuyo taller fue artífice también del sagrario de plata que aparece entronizado.
En la nave del Evangelio se halla un altar consagrado a Ntra. Sra. de Fátima. Continúa la capilla de la Cofradía de Jesús El Rico, en cuyas hornacinas laterales se aprecian sendas imágenes estofadas de Virgen de la Merced y el Santo Angel, obras de Raúl Trillo y de Salvador Lamas. La siguiente capilla alberga el renombrado lienzo de la Ánimas Benditas, de Juan Niño de Guevara (1665). Esta nave queda presidida por la capilla de la Virgen del Pilar, con un retablo realizado por Adrián Risueño en 1950.
En la antesacristía se encuentra una efigie del Sagrado Corazón de Jesús y varios lienzos anónimos. Sobre los arcos de medio punto que culminan las naves laterales figuran dos óleos atribuidos al círculo de Niño de Guevara (siglo XVII) que representan la aparición de Santiago en la batalla de Clavijo y San Tomás de Villanueva asistiendo a los pobres. Recientemente se ha realizado una profunda restauración del templo para librarlo de la humedad que le afectaba.
Curiosidad: Una placa metálica y un mosaico de cerámica en su fachada testimonian dos hechos históricos. Por un lado, en su ámbito fue sepultado Juan de San Martín, padre del libertador de Argentina, José de San Martín, cuyos restos fueron trasladados al país americano en 1947 y, por otro, en su actual pila bautismal recibió el 10 de noviembre de 1881 las aguas del bautismo el artista Pablo Ruiz Picasso.